تا قرن یازدهم نیز چند تن دیگر از این گروه صوفیان محکوم به مرگ شدند. اما مشهورترین نمایندة سلسلة قادریه و اندیشة وحدت وجود در آسیای جنوب شرقی حمزه فنصوری * (قرن دهم / شانزدهم ) است که از پیشروان اشاعة تفکر اسلامی در این منطقه محسوب می شود. مرید او شمس الدین سوماترانی (متوفی 1040) نیز صاحب آثاری در کلام و عرفان بود. مشابهتهای موجود میان اندیشة وحدت وجود آیین هندو و بودا و تأثیر درازمدت این دو آیین در آسیای جنوب شرقی سبب شد اندیشة وحدت وجود که بیشتر از طریق فنصوری و سوماترانی معرفی شده بود بسرعت انتشار یابد از دیگر صوفیان مهم این منطقه نورالدین رانیری * (متوفی 1068) است . وی که از پیروان احمد سرهندی صوفی اصلاح طلب هندی بود حدود 29 کتاب نوشت که بیشتر آنها در نفی تعالیم وحدت وجودی فنصوری و سوماترانی بود آثار وی هنوز در مراکز دینی سنتی مالزی تدریس می شود. رانیری در کتاب تبیان فی معرفة الادیان 72 گروه را خارج از اسلام دانسته است که پیروان فنصوری و سوماترانی از آن جمله اند . وی که معتقد بود اندیشة وحدت وجود مردم را دچار سر در گمی و انحراف از اسلام کرده است در دورة هفت سالة قضاوت و شیخ الاسلامی خود در زمان سلطان اسکندر دوم (1047ـ1051/ 1637ـ1641) سلطان را واداشت نسبت به وحدت وجودیها شدت عمل نشان دهد و آنها را وادار به توبه کند (همان ص 675).

رانیری بر هماهنگ ساختن شریعت و طریقت تأکید بسیار داشت . کتاب الصراط المستقیم او اولین کتاب در بارة مسائل فقهی در مالزی است. وی با از دست دادن حمایت جانشین اسکندر دوم به هند رفت و چهارده سال بعد در هند وفات یافت در قرن یازدهم و دوازدهم میان آن دسته از علمای دینی که با تکیه بر آثار غزالی مدافع سرسخت عرفان متشرعانه بودند و صوفیانی که می کوشیدند عقاید عرفانی اسلامی را با اندیشه ها و مناسک آیینهای هندو و بودا تلفیق کنند بخصوص در بارة وحدت وجود بحثهایی در گرفت که سبب ابهام و سر در گمی دینی مسلمانان مالایایی شد . این موضوع توجه عالمان و صوفیان مکه و مدینه را نیز جلب کرد چنانکه ابراهیم کورانی (متوفی 1102) با نوشتن کتابهایی سعی کرد به مشکلات دینی مردم در این باب پاسخ گوید. به نظر می رسد که در اواخر قرن یازدهم اصلاح دینی و مبارزه با آنچه از نظر عالمان دینی در تعالیم صوفیان بدعت شمرده می شد از طریق عالمان و صوفیانی مانند احمد قشاشی * (متوفی 1071) ابراهیم کورانی * و عبدالکریم سمان (متوفی 1189) که در مدارس دینی مکه و مدینه تحصیل و تدریس کرده بودند به آسیای جنوب شرقی راه یافت . اصولا همة مبلغان سلسله های صوفیه در این منطقه در مدارس دینی مکه و مدینه درس خوانده بودند حت شطاریه و نقشبندیه نیز مستقیما از هند به این مناطق نرسیدند بلکه از حرمین شریفین (مکه و مدینه ) به آنجا راه یافتند . از جمله عبدالرئوف سینکیلی (متوفی 1104/ 1105) که در آچه متولد شد و سپس به حجاز رفت . در آنجا به واسطه کورانی از تعالیم احمد قشاشی که از مشایخ شطاریه ـ قادریه بود بهره مند شد. سینکیلی قرآن و تفسیر بیضاوی را به زبان مالایی ترجمه کرد. تألیفاتی در فقه شافعی نیز از او به جا مانده است .

عمدة المحتاجین رسالة معروف سینکیلی در عرفان شامل آداب طریقت از جمله در بارة برگزاری جلسات ذکر و مناجات است . مخالفت وی با ابن عربی کمتر از رانیری بود و حتی نظریة مراتب هفت گانة وجود و انسان کامل ابن عربی را در آثار خود منعکس کرده است. سینکیلی با اعتقاد به اینکه خداوند از نور محمد صلی الله علیه وآله اعیان ثابته و از اعیان ثابته جهان (اعیان خارجیه ) را آفرید و اعیان خارجیه از خدا متمایزند سعی داشت میان خدا و خلق تمایز قائل شود. هدف اصلی او هماهنگ کردن شریعت و طریقت (تصوف ) بود و تعالیم شطاریه را مطابق با شریعت می دانست. یکی دیگر از صوفیان اصلاح طلب که شاگرد کورانی نیز بود محمدیوسف بن عبدالله خلوتی مقاصری (متوفی 1037) مشهور به شیخ یوسف است . او تصوف را ایمان خالص به یگانگی خداوند می دانست .

به نظر شیخ یوسف وجود خدا حقیقی و وجود مخلوقات مجازی است و به زعم او این عقیده مشکلات وحدت وجود را حل می کند. شیخ یوسف طریقت خود را که تلفیقی از تعلیمات نقشبندیه و خلوتیه بود طریقت محمدیه یا احمدیه می خواند . یکی دیگر از تربیت یافتگان مدینه عبدالصمد پالیمبانی (متوفی 1203) است که از نمایندگان تصوف غزالی بود و در هدایة السالکین و سیرالسالکین از آثار غزالی بسیار اقتباس کرده است . وی و شاگردانش تلفیقی از تعالیم سمانیه (شاخه ای از خلوتیه ) خلوتیه نقشبندیه و قادریه را در آسیای جنوب شرقی گسترش دادند و هدف اصلی آنها هماهنگ کردن طریقت با شریعت بود. در قرن سیزدهم برخی سلسله های صوفیانه مانند سمانیه قادریه نقشبندیه و گاه شطاریه سازمانها و تشکیلاتی برای شورش علیه استعمارگران تدارک می دیدند ازینرو در دوران استعمار هلند این سلسله ها مورد تهدید و ارعاب قرار گرفتند.

بتدریج با رشد جریانات ملی گرایانه در آغاز قرن چهاردهم شورشهای ضداستعماری صوفیه رو به افول نهاد و سلسله های صوفیانه موردحملة جریانات اصلاح طلب اسلامی قرار گرفتند. این جریانات بیشتر تحت تأثیر عقاید اصلاح طلبانة مصر بودند و از آرای شیخ محمد عبده * و رشیدرضا * الهام می گرفتند. البته برخی شاخه های صوفیه مانند خالدیه (از شاخه های نقشبندیه ) که از اوایل قرن چهاردهم در این منطقه گسترش بسیار یافته با گرایشهای متشرعانة خود تا حدی با جریانات اصلاح طلب همراه شده اند. در این قرن طریقة تجانیه * از شمال افریقا به آسیای جنوب شرقی وارد شد. برخی ادعاهای بنیانگذار آن از جمله اینکه طریقتش را مستقیما و بی واسطه به پیامبر می رساند با مخالفت صوفیان و اصلاح طلبان مواجه شد ولی علی رغم این مخالفتها توانست گسترش یابد و حتی از فقها تأیید رسمی دریافت کند . در قرن چهاردهم / بیستم پیروان بعضی از سلسله ها با انجام دادن کارهایی از قبیل فروکردن میخ و میله های آهنی در قفسة سینه و نواختن طبل در ملأعام و رفتن به زیارت اولیا و تقدیم هدایا به زیارتگاهها که به نظر اصلاح طلبان شرک محسوب می شود موجب تضعیف تصوف در این منطقه شدند. امروزه بعضی از سلسله ها خود را با نیازهای روز همراه ساخته اند و مهمترین کارکرد آنها استفاده از تعلیمات عرفانی برای ترک اعتیاد و درمان بیماریهای روانی است.

 تا به امروز تصوف منطبق با شریعت در آسیای جنوب شرقی موفقتر بوده و آثار رانیری و سینکیلی رواج بیشتری داشته و معمولا عالمان دینی نیز طرفدار تصوف جنید قشیری و غزالی بوده اند. بعلاوه تقریبا از ابتدای گسترش تصوف در این منطقه تاکنون فقهای آن خود از صوفیه بوده اند ازینرو مخالفتی با تصوف سازگار با شریعت ندارند. امروزه گرایش به تصوف در میان مقامات بالای دولتی روشنفکران علمای دینی و حتی اصلاح طلبان وجود دارد.